No ubuntu 14.04 instale o pacote:
sudo apt-get install libav-tools
Para converter use o comando:
avconv -i video001.MTS -c:a copy -c:v copy video001.mp4
Para converte todos os arquivos do diretório use o comando:
for i in *.MTS; do avconv -i "$i" -c:a copy -c:v copy "video-$i.mp4"; done